Después de visitar varias granjas colectivas de la región ucraniana de Vinnytsia, Martín Bormann regresó a Alemania preocupado por la salud y la buena constitución física de la población, que percibía podría constituir una amenaza para el régimen nazi. Después de haber debatido el asunto con Hitler, Bormann emitió una directiva dirigida a Rosenberg que en parte decía:
"Los eslavos deberán trabajar para nosotros. Cuando no los necesitemos, deberán morir. La fertilidad de los eslavos es indeseable. En cuanto a los productos agrícolas, no deberán recoger más de la que necesiten. Somos los amos, estamos primero".
Es de anotar que Martín Bormann y Heinrich Himmler compartieron responsabilidades en la organización del Volkssturm, una milicia creada el 18 de octubre de 1944 como último recurso del Reich para sostener la guerra, mediante la cual, forzosamente se alistaron todos los hombres sanos de entre 16 y 60 años de edad, que todavía estaban en buen estado físico.
Mal entrenados y pobremente equipados, muchos de esos efectivos, fueron enviados a combatir al Frente oriental, zona en la que alrededor de 175.000 de ellos murieron, sin que en la práctica sus sacrificios y posteriores muertes impidieran el avance soviético. ​
Debido a que se desmoronaba el Frente Oriental, el 16 de enero de 1945, Adolfo Hitler transfirió sus cuarteles generales al Führerbunker de Berlín, donde el Führer, Martín Bormann, su secretaria Else Krüger, y otros jefes nazis, permanecieron hasta el final de la guerra.
En la tarde del 30 de abril, mientras las fuerzas soviéticas continuaban el avance hacia el centro de Berlín, Hitler y Eva Braun se suicidaron. La señora Braun tomó una cápsula de cianuro y con su inseparable pistola, Hitler se propinó un disparo en la cabeza.
​ Por instrucciones previas de Hitler, los cadáveres de los dos suicidas fueron llevados al jardín de la cancillería del Reich e incinerados. Asimismo, de acuerdo con los postreros deseos de Hitler, Martín Bormann fue nombrado ministro del partido nazi, algo que oficialmente confirmaría su posición como Secretario general de facto en la colectividad.