Os rios constituem frequentemente a principal ligação entre ecossistemas em interação. Há dois aspectos da poluição da água. O impacto humano nos sistemas aquáticos, tais como rios, zonas húmidas, reservatórios e águas subterrâneas. Os efeitos indirectos são causados pela utilização dos solos nas zonas de captação, como a desflorestação, as plantações e os aglomerados humanos. O intenso desenvolvimento agrícola e urbano tem colocado uma grande procura de recursos de água subterrânea nas zonas urbanas de todo o mundo e tem também colocado esses recursos em maior risco de contaminação. O risco de contaminação das águas subterrâneas é influenciado por dois factores: (1) as propriedades intrínsecas do ambiente hidrogeológico, principalmente factores que influenciam o transporte e a estabilidade dos contaminantes derivados da superfície terrestre; e (2) a carga contaminante, principalmente de fontes antropogénicas. Em muitos casos, as áreas urbanas têm tanto as propriedades intrínsecas como a carga contaminante que resultam num elevado risco de contaminação das águas subterrâneas.