L'action se situe à Plassans, le berceau des Rougon-Macquart, petite ville que Zola a imaginée en s'inspirant d'Aix-en-Provence et de Flassans-sur-Issole. La ville, acquise à Napoléon III grâce aux intrigues de la famille Rougon (La Fortune des Rougon), est passée aux légitimistes. Un prêtre bonapartiste, l'abbé Faujas, y est envoyé par le pouvoir pour la reconquérir. À son arrivée, il est logé chez François Mouret, un commerçant retraité. Celui-ci, son épouse Marthe, leurs trois enfants et leur bonne vivaient seuls jusqu'alors dans la maison. Marthe et son mari sont cousins: elle est la fille de Pierre et Félicité Rougon; il est le fils d'Ursule Macquart et du chapelier Mouret. Elle a quarante deux ans, lui quarante cinq. François est assez maniaque, ce que supporte difficilement son entourage; il occupe une place assez modeste à Plassans, plus spectateur qu'acteur de la vie publique. Avec l'arrivée de l'abbé Faujas, de sa mère puis du couple Trouche (Olympe Trouche est la soeur de Faujas), la vie des Mouret se trouve bouleversée: ils se séparent de leurs enfants (l'aîné, Octave, à Marseille, le second, Serge, au séminaire, la benjamine, Désirée, simple d'esprit, chez sa nourrice); Marthe devient dévote; l'abbé fait du jardin un lieu où les notables légitimistes et bonapartistes peuvent se rencontrer en terrain neutre. Petit à petit, conseillé par Félicité Rougon, l'abbé Faujas finit par manipuler tout Plassans, par l'intermédiaire des femmes en particulier, et par faire élire à la Chambre un candidat favorable au pouvoir. Mouret, bourgeois retiré des affaires, qui ne recherche que sa tranquillité, se met progressivement à l'écart. Exclu des intrigues qui se trament autour de lui, naïf qui gêne, il finit par être enfermé comme fou à l'asile des Tulettes, où se trouve déjà sa grand-mère Adélaïde Fouque. Là, il devient réellement fou et, un soir où on l'a laissé s'échapper, sans doute à l'initiative d'Antoine Macquart (pour se venger des Rougon) et de l'abbé Fénil (rival de l'abbé Faujas à l'évêché), il rentre à Plassans et met le feu à sa maison. Il meurt dans l'incendie, de même que Faujas, sa mère et les Trouche. Quant à Marthe, elle meurt le même soir chez sa mère, des suites d'une phtisie qu'elle portait depuis des années.