Le secret de la Rhune raconte les explorations de deux jeunes Parisiens entre 1985 et 1995, à travers des rencontres intrigantes avec divers personnages liés, souvent sans le savoir, à un incroyable enjeu nucléaire. Parmi eux, un ancien agent des services secrets britanniques de la seconde guerre mondiale, un fils caché de Michel Debré, un ex-espion du renseignement est-allemand et un ancien commissaire de la Direction de la Surveillance du Territoire qui a pourchassé les activistes de l'OAS.